Misoprostol được hấp thụ nhiều và khử este nhanh thành misoprostol acid, chất có hoạt tính lâm sàng, và khác với hợp chất mẹ, có thể phát hiện thấy trong huyết tương. Misoprostol được hấp thụ nhanh sau khi uống với Tmax (thời gian đạt nồng độ tối đa) của misoprostol acid là 12 3 phút và nửa đời tận cùng là 20 - 40 phút.
Nồng độ huyết tương của misoprostol acid thay đổi nhiều nhưng những trị số trung bình sau khi uống liều duy nhất cho thấy có mối liên quan tuyến tính với liều trong phạm vi từ 200 - 400 microgam. Không thấy có tích lũy misoprostol acid trong những nghiên cứu dùng nhiều liều; nồng độ ổn định trong huyết tương đạt được trong vòng hai ngày. Nồng độ tối đa trong huyết tương của misoprostol acid giảm khi uống thuốc cùng với thức ăn, và khả dụng sinh học toàn phần của misoprostol acid giảm khi dùng đồng thời với thuốc kháng acid.
Sau khi uống misoprostol đánh dấu phóng xạ, khoảng 80% hoạt tính phóng xạ xuất hiện trong nước tiểu. Nghiên cứu dược động học ở người bệnh có những mức độ khác nhau về suy thận cho thấy: so với người bình thường, nửa đời, Cmax (nồng độ tối đa) và AUC (diện tích dưới đường cong) tăng gần gấp đôi, nhưng không có sự tương quan rõ rệt giữa mức độ suy thận và AUC. Ở những đối tượng trên 64 tuổi, AUC đối với misoprostol acid tăng lên. Thông thường không có chỉ dẫn về điều chỉnh liều lượng đối với người bệnh cao tuổi hoặc suy thận, nhưng cần giảm liều khi người bệnh không dung nạp liều thông thường.
Misoprostol không ảnh hưởng đến những hệ thống enzym oxydase của gan (cytochrom P450) ở động vật. Những nghiên cứu về sử dụng misoprostol đồng thời với một số thuốc chống viêm không steroid cho thấy không có tác dụng trên động học của những thuốc này.
Sự liên kết với protein huyết tương của misoprostol acid thấp hơn 90% và không phụ thuộc vào nồng độ trong phạm vi liều điều trị.