Hạt ý dĩ được sử dụng để điều trị nhiều bệnh như loét dạ dày và loét cổ tử cung, áp xe phổi, viêm ruột ỉa chảy, bạch đới, phong thấp sưng đau. Liều dùng khuyến cáo là từ 15-30g, có thể dùng dạng thuốc sắc hoặc hoàn tán. Hạt ý dĩ còn là một loại thuốc bổ và bồi dưỡng cơ thể tốt, có thể được sử dụng để bổ sức cho người già và trẻ em, lợi sữa cho phụ nữ sau sinh. Bởi vì hạt ý dĩ chứa nhiều lipid và protid hơn gạo, và nhiều protid hơn bột bắp, nên nó thường được sử dụng để thổi cơm hoặc kết hợp với hạt sen, mộc nhĩ để hầm với thịt gà, tạo ra một món ăn ngon và bổ dưỡng. Hạt ý dĩ cũng có thể được sử dụng để nấu chè, tạo ra một món ăn ngon tương tự như chè gạo nếp.
Rễ cây ý dĩ được sử dụng để điều trị nhiều bệnh như kinh bế, rối loạn kinh nguyệt, bạch đới, trẻ em ỉa chảy, phong thấp đau xương, thuỷ thũng, sỏi thận, viêm nhiễm đường niệu, và để trừ giun đũa và đau bụng giun. Liều dùng khuyến cáo là từ 15-30g, dạng thuốc sắc.
Trung Quốc từ lâu đã sử dụng ngũ cốc Ý dĩ như một loại thực phẩm, chúng được dùng để chế biến các món ăn, trà và nước sắc thảo dược để điều trị bệnh tiểu đường, viêm nhiễm và đau dây thần kinh. Điểm đặc biệt của Ý dĩ là hàm lượng protein cao tương đương với lúa mì, đó là lý do vì sao nó được sử dụng trong ẩm thực phương Tây để nướng bánh quy, tách vỏ hạt để dễ ăn hơn và có thể sử dụng bột Ý dĩ để làm bánh mì và bánh quy. Riêng người Nhật, họ chế biến hạt Ý dĩ thành chất lỏng có hương vị giống bơ sữa và rượu táo, được gọi là "Dzu".
Một phụ nữ có thai ăn hạt bo bo (ý dĩ) theo lời mách bảo và gặp đau bụng. Cô được đưa đi cấp cứu và qua được tình trạng dọa sảy thai. Y văn cảnh báo rằng ý dĩ, một loại lương thực bồi dưỡng sức khỏe, có dược tính lợi tiểu tiêu phù thũng mạnh và không tốt cho thai nghén, chỉ nên dùng sau sinh.
Trong cuốn sách Thần Nông Bản Thảo Kinh có nói: Hạt bo bo vị ngọt, tính hàn. Chủ trị các chứng viêm đa khớp do phong thấp như co rút gân cơ, không thể co duỗi; có khả năng đi vào tam tiêu, dẫn thấp khí hành xuống dưới. Dùng trong thời gian dài có tác dụng bồi bổ nguyên khí, khiến cho thân thể nhanh nhẹn, khỏe mạnh. Ngoài ra, rễ bo bo còn dùng để tiêu diệt ký sinh trùng trong cơ thể.
Bo bo có vị ngọt, thuộc Thổ, cho nên thích hợp dùng để kiện tỳ, lợi tiểu, hóa thấp, trị chứng tê bì tay chân. Tác dụng trị tê bì chủ yếu biểu hiện ở chỗ có thể làm giãn gân cốt, bôi trơn các khớp xương, giảm đau nhức do phong thấp. Tác dụng hóa thấp cũng được người xưa đặc biệt coi trọng.
Người xưa cho rằng: Khí thấp tà xâm nhập vào cơ thể sinh ra chứng tê bì, lâu ngày sinh nhiệt, sau đó nhiệt lại sinh ra các ký sinh trùng, trong khi đó bo bo lại có tác dụng trừ tê liệt, sát trùng. Bo bo vị ngọt, dùng lâu dài có thể kiện tỳ, ích vị, hơn nữa còn có tác dụng hóa thấp, vì vậy thích hợp để trị chứng tỳ hư, tiêu chảy. Khi sao chín hạt bo bo, dùng kết hợp với Bạch Truật, thự dự, Phục Linh, đậu cô ve, hạt súng có tác dụng kiện tỳ, trừ thấp hiệu quả. Khi tỳ hư thấp khí vượng, dùng lẫn hạt bo bo sống và chín có hiệu quả trị liệu tốt hơn.
Các danh y thời xưa đã nghiên cứu và phát hiện ra: Dùng hạt bo bo nấu cháo còn có tác dụng trị bệnh tiêu khát rất tốt; hạt bo bo sống còn có tác dụng thanh nhiệt, đào thải mủ.
Đông y cho rằng: Hạt bo bo thuộc hành Thổ, cho nên có tác dụng bổ tỳ, phế, có thể trị liệu các chứng bệnh về phổi suy kiệt. Nếu như các bệnh về phổi không quá nghiêm trọng có thể dùng kết hợp hạt bo bo sống, hạt bí đao, đào nhân, lư căn để trị liệu. Nếu bệnh đã phát triển nghiêm trọng như ho ra máu, nôn ra mủ có thể dùng kết hợp bo bo sống với bào phục hoa, bạch cập để trị liệu. Hạt bo bo sống còn có thể chữa viêm ruột thừa. Dùng kết hợp hạt bo bo sống với ngân hoa, Huyền Sâm, Đương Quy, địa hoàng tươi, Thục Địa tươi, Cam Thảo, Hoàng Cầm, đại hoàng tươi, đan bì có tác dụng điều trị bệnh viêm ruột thừa cấp; kết hợp với biển súc, phụ tử thích hợp để tiêu mù do viêm ruột thừa, viêm ruột hoặc đã hình thành mụn có mủ.
Ngoài ra, hạt bo bo còn có tác dụng lợi tiểu. Hạt bo bo kết hợp sử dụng với xa tiền tử, phục linh, trư linh, Trạch Tả có thể chữa bệnh phù thũng và bí tiểu..
Theo nghiên cứu của Y học hiện đại cho thấy, chất e-te trong nhân của hạt bo bo có tác dụng sát trùng vết thương và chống lại tế bào gây ung thư.
Ngoài ra, hạt bo bo còn có tác dụng làm đẹp, trị mụn cơm, thường xuyên sử dụng còn có thể giúp da mềm mại, căng mịn; phụ nữ có thai cũng có thể dùng.
Hạt bo bo chứa nhiều chất dinh dưỡng phong phú như: Protein, tinh bột, chất béo, đường, vitamin nhóm B, được mệnh danh là “vua của các loài thực vật thân lúa trên thế giới".